Blue Reflection spielt in der Hoshinomiya-Mädchenschule, wo Spieler in die Rolle der Schülerin Hinako Shirai schlüpfen. Nach einem Unfall musste Hinako ihre Ballettkarriere an den Nagel hängen, seitdem kapselt sie sich vom Rest der Welt ab. Doch ihr Leben ändert sich schlagartig mit ihren neuen besten Freunden, den magischen Shijou-Zwillingen – Yuzu, die für ihre warmherzige und fröhliche Art von ihren Klassenkameraden verehrt wird und die egoistische sowie logisch denkende Lime.